STAR直接就可以输出readsCount，为什么还需要featurecounts？

这个问题很让人困惑，不少教程，先是STAR比对，然后featureCounts或HTSeq再计算reads count。那么我们看看，什么时候需要这样做，什么时候不需要这样做？

STAR比对可以直接输出reads count

STAR比对参数很多，其中有一个quantMode，可以指定--quantMode GeneCounts输出STAR计算出的reads计数结果。(更多常用参数见  STAR比对线程也不是越多越好，多少是好？)

格式如下，有4列，各自解释如下：

trt_N061011.ReadsPerGene.out.tab: 每个基因的reads count，链非特异性RNASeq选第2列。

column 1: gene ID

column 2: counts for unstranded RNA-seq

column 3: counts for the 1st read strand aligned with RNA (htseq-count option -s yes)

column 4: counts for the 2nd read strand aligned with RNA (htseq-count option -s reverse)

这个结果与HTSeq的输出结果是完全一致的。所以我们如果是比对完之后未做转录本拼装，直接对已知基因（构建基因组索引时GTF中囊括的基因）进行定量时，完全不需要再次用featureCounts或HTSeq再计算reads count。

如果做了转录本拼装，对基因定量，需要HTSEQ/FEATURECOUNTS

假设我们用STAR比对后，做了转录本拼装，获得一个拼装比较后的注释文件assembeCompare2Ref.annotated.gtf，对新基因或有新转录本的基因进行定量时，就需要再次计算了。

下面代码显示的是htseq的计算方式，featureCounts改一下也适用。

用软件，看别人分享的教程是一个快捷的方式。但也要看软件手册，看看哪些参数适合自己的物种、数据，再进行分析，不能别人用什么、怎么用，自己完全跟随。

即便是看完手册后，你发现不需要额外设置参数，直接套教程的代码就行，那也需要看手册！

看了才有底气，指导你的数据用这个参数是合理的，而不是懵懵懂懂、人云亦云~~~

 给地球上的22.8万种植物建立图像索引 公众号标题变迁史 - 你有没有被套路？ 生信学习学的是什么？常识！ 学生信，不是贪多的，而是求精的！ 生信学习入门常见错误可能的原因分类总结和求助指南

网址：STAR直接就可以输出readsCount，为什么还需要featurecounts？ https://mxgxt.com/news/view/921720

相关内容

什么是STAR法则？为什么要使用STAR法则？怎么样使用STAR法则？
开一家Cake Star甜星需要要多少钱？Cake Star甜星加盟费用是多少？
路虎揽胜star pulse的主要优点是什么？
想要成为rapstar吗什么梗？想要成为rap star什么歌曲谁唱的
star什么意思（star除了星星还有什么意思）
星星和明星的外语为什么都叫STAR
明明可以靠颜值吃饭!任泉为什么要息影做投资?
今天，为什么还需要访谈节目？
n b a 的all star 和匡威all star有什么关系？
运动明星为什么是running star？为什么要加ING?别的为什么不加ING？动名词又是什么意思？

随便看看