从starBase批量下载数据

发布时间：2024-12-17 18:48

从starBase批量下载数据

0.6392019.03.02 15:49:00字数 281阅读 4,509

很多小伙伴都知道starBase是一个常用的数据库，不管是根据microRNA找非编码RNA，还是根据microRNA找mRNA靶点，还是查找ceRNA调控分子，还是查找RNA的结合蛋白等，我们都用得上这个数据库。

当我们要研究的分子量少时，我们可以通过网页逐个查询，如果我们要大批量研究分子之间的关系，或查找靶基因，网页工具就非常困难了。

但是starBase 3.0提供了一个很好的WEB API供我们使用，具体参见http://starbase.sysu.edu.cn/tutorialAPI.php

其中提供了linux下载相关数据的代码，我们可以根据具体需求更改代码，批量下载。

例如得到与TP53相结合的miRNA的代码如下：

curl 'http://starbase.sysu.edu.cn/api/miRNATarget/?assembly=hg19&geneType=mRNA&miRNA=all&clipExpNum=5°raExpNum=0&pancancerNum=0&programNum=1&program=PITA,RNA22&target=TP53&cellType=HeLa' > starBaseV3_hg19_CLIP-seq_all_TP53.txt

具体更改参数详见网页介绍。

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