enrichment

社区首页 >专栏 > enrichment_all | 一键完成富集分析！~（配高颜值可视化！）

写在前面

最近做这些富集分析实在太烦了，我就自己写了2个函数，run_enrichment_all()和plot_enrichment_all()。

这2个函数可以轻松完成GO和KEGG的富集分析和可视化，具体大家看一下。

当然也参考了别人的代码，深表感谢哈！~

用到的包

library(clusterProfiler) library(AnnotationDbi) library(dplyr) library(ggplot2) library(tibble) library(tidyr) library(ggprism) library(gground)

输入文件

输入文件可以是SYMBOL也可以是ENTREZID。

我这里以ENTREZID为例。

data(geneList, package="DOSE") gene <- names(geneList)[abs(geneList) > 2] gene

开始富集

dir.create("./enrichment")

这里第一个函数，是基于clusterProfiler的，可以轻松完成所有的G0（包括BP,CC,MF）和KEGG分析。

如果你懒得改参数，这里我都有默认好的。

res <- run_enrichment_all(gene, species = "human", # "human", "mouse", "rat" id_type = "ENTREZID", # "ENTREZID", "SYMBOL" pvalueCutoff = 0.05, qvalueCutoff = 0.05, minGSSize = 5, maxGSSize = 500, readable = T ) write.csv(res$BP, "./enrichment/enrichment_all_result_BP.csv") write.csv(res$CC, "./enrichment/enrichment_all_result_CC.csv") write.csv(res$MF, "./enrichment/enrichment_all_result_.csv") write.csv(res$KEGG, "./enrichment/enrichment_all_result_KEGG.csv")

可视化

这里默认参数也是做好的。

当然你也可以按需更改。

显示top5条目

plot_enrichment_all(res, top_n = 5)

每个Term下显示10个基因

plot_enrichment_all(res, top_n = 5, gene_show_num = 10)

更改配色

plot_enrichment_all(res, top_n = 5, # default 5 gene_show_num = 10, # default 5 color_palette = c("#640D5F", "#D91656", "#EB5B00", "#FFB200") )

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原始发表：2025-04-27

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