小麦异源多倍化对籽粒早期发育阶段转录组的影响研究

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目 录

主要符号对照表

第一章 绪论

1.1 多倍体的形成和分类

1.2 普通小麦的起源与进化

1.3 普通小麦及其供体基因组组装

1.3.1 普通小麦全基因组测序

1.3.2 普通小麦供体全基因组测序

1.4 异源多倍体小麦形成过程中发生的转录组变异

1.5 籽粒发育研究进展

1.5.1 亲本对籽粒发育的影响

1.5.2胚乳细胞大小和数量对籽粒产量贡献

1.5.3 小麦籽粒发育研究进展

1.6 研究目的和意义

第二章 实验材料和方法

2.1 供试材料

2.2 总RNA提取

2.3 构建链特异性测序文库及二代测序

2.4 原始数据质控

2.4.1 碱基测序质量控制

2.4.2 测序饱和度控制

2.5 参考基因组的选择

2.6 转录组分析流程

2.6.1 全基因组比对

2.6.2 转录本拼接

2.6.3 基因表达定量

2.6.4 样品生物学重复质控

2.6.5 饱和度分析

2.6.6 主成分分析和层次聚类

2.6.7 基因表达差异分析

2.6.8 基因时期特异性表达分析

2.6.9 共表达网络分析

2.6.10 同源基因组的鉴定

2.6.11 不同倍性材料之间部分同源基因表达量比较

2.6.12 基因本体（Gene ontology，GO）功能富集分析

2.6.13 MapMan功能分类和富集分析

第三章 结果和分析

3.1 合成小麦及其亲本和中国春的表型分析

3.2 转录组测序基本情况

3.3 转录组数据比对情况和生物学重复评价

3.4 不同倍性小麦籽粒发育早期阶段分类和保守性分析

3.5 合成小麦与亲本籽粒早期发育时期亚基因组基因表达模式保守性分析

3.6 合成小麦基因表达量加性和非加性效应分析

3.7 合成小麦基因亲本表达显性分析

3.8 合成小麦共表达网络分析

第四章 讨论

4.1 不同倍性小麦籽粒早期发育阶段趋于保守

4.2 合成小麦不同亚基因组基因表达模式保守和分化基因富集差异

4.3 非加性基因和亲本显性表达及其调控网络对合成小麦粒型和粒重的影响

第五章 结论

参考文献

附 录

致 谢

作者简历

网址：小麦异源多倍化对籽粒早期发育阶段转录组的影响研究 https://mxgxt.com/news/view/1065386

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